Nemovitost v s.r.o.: Proč prodej firmy není totéž co prodej bytu

Když se majitel bytu v Praze nebo chaty u Sázavy rozhodne prodávat, většinou řeší cenu, realitku a termín stěhování. Jakmile ale vlastníkem nemovitosti není fyzická osoba, ale společnost s ručením omezeným, mění se úplně jiná sada pravidel. Mizí časový test pro osvobození od daně, mizí jednoduchost katastrálního zápisu a přibývá rozhodování, které firemní právníci řeší na valné hromadě. Tenhle článek je pro majitele s.r.o., kteří mají ve firmě nemovitost a uvažují o prodeji, i pro kupující, kteří zvažují koupi od firmy a nechtějí si koupit problém na roky dopředu.

Hned na úvod jedna zásadní věc, kterou si musí ujasnit každý prodávající: existují dvě úplně odlišné cesty, jak nemovitost ze s.r.o. "prodat". První je takzvaný asset deal – firma prodává samotnou nemovitost jako majetek. Druhá je share deal – společník prodá svůj obchodní podíl ve firmě, které nemovitost patří, a nemovitost samotná zůstává ve vlastnictví s.r.o. beze změny. Tyto dvě cesty mají diametrálně odlišné daňové i právní důsledky a právě v tomhle rozhodnutí se láme většina hodnoty obchodu.

Asset deal: firma prodává nemovitost jako majetek

V tomto scénáři zůstává společnost majitelem až do podpisu kupní smlouvy, poté dochází ke standardnímu převodu vlastnického práva vkladem do katastru nemovitostí podle zákona č. 256/2013 Sb. Právní účinky vkladu nastávají zpětně k okamžiku, kdy návrh dojde katastrálnímu úřadu – to je stejné jako u soukromého prodeje. Rozdíl je v tom, co se děje s penězi a daní po podpisu.

Daň z příjmů právnických osob – žádný časový test

Fyzická osoba, která drží nemovitost déle než 10 let (u nemovitostí nabytých od roku 2021) nebo v ní měla bydliště, může být od daně z příjmu osvobozena podle § 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů. U s.r.o. tahle úleva neexistuje v žádné podobě. Zisk z prodeje nemovitosti – tedy rozdíl mezi prodejní cenou a daňovou zůstatkovou cenou po odpisech – vždy vstupuje do základu daně z příjmů právnických osob. Aktuální sazba této daně činí 21 %. Pokud firma drží nemovitost deset, patnáct nebo dvacet let, na výši daně to nemá vliv, žádná lhůta ji nezbaví povinnosti zisk zdanit.

Modelový příklad: s.r.o. koupilo komerční objekt za 8 000 000 Kč, postupně ho odepisovalo a daňová zůstatková cena v okamžiku prodeje je 5 000 000 Kč. Prodejní cena je 11 000 000 Kč. Zdanitelný zisk z prodeje činí 6 000 000 Kč, daň při sazbě 21 % vychází na 1 260 000 Kč. Tato částka se navíc sčítá s ostatními provozními výsledky firmy za dané zdaňovací období – pokud firma jinak prodělává, ztráta zisk z prodeje částečně nebo zcela kompenzuje, pokud vydělává, daň se jen přičte k ostatní daňové povinnosti.

DPH – pozor na lhůtu 23 měsíců

Pokud je s.r.o. plátcem DPH, musí u prodeje nemovitosti posoudit § 56 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty. Od 1. července 2025 platí pravidlo, že dodání stavby podléhá DPH, pokud jde o první dodání ve lhůtě 23 kalendářních měsíců po měsíci, kdy byla stavba dokončena nebo prošla podstatnou změnou. Po uplynutí této lhůty je dodání od DPH osvobozeno, firma si ale zpravidla musí hlídat případnou povinnost vrátit poměrnou část dříve uplatněného odpočtu daně. Snížená sazba 12 % se uplatní jen tehdy, pokud nemovitost splňuje podmínky sociálního bydlení podle § 48a a § 49 zákona o DPH – nerozhoduje konstrukce ani materiál stavby, jak se často mylně traduje.

Share deal: prodej obchodního podílu místo nemovitosti

Druhá cesta je prodat obchodní podíl ve firmě. Nemovitost samotná v katastru nemění vlastníka, mění se pouze zápis společníka v obchodním rejstříku. Tahle varianta má pro prodávajícího jednu obrovskou výhodu a jednu zásadní past.

Výhoda: příjem z prodeje obchodního podílu fyzické osoby může být za určitých podmínek osvobozen od daně z příjmů podle § 4 zákona o daních z příjmů, pokud doba držby podílu přesáhne pět let. Na rozdíl od přímého prodeje nemovitosti z majetku firmy se tak lze časovému testu vyhnout úplně jinou cestou – prodejem podílu místo prodeje aktiva.

Past: kupující nekupuje jen nemovitost, kupuje celou historii firmy. Veškeré dřívější smlouvy, případné spory, zástavy, nedoplatky vůči finančnímu úřadu nebo zdravotní pojišťovně, skryté ručitelské závazky – to vše jde s podílem automaticky dál. Proto kvalitní share deal nikdy neproběhne bez důkladné právní a daňové prověrky firmy, takzvané due diligence, která prověří účetnictví, smluvní vztahy i výpis z rejstříku exekucí. Bez tohoto kroku kupuje kupující doslova kočku v pytli a riziko nese roky po podpisu.

Kdy musí prodej schválit valná hromada

Mnoho jednatelů s.r.o. žije v omylu, že o prodeji firemní nemovitosti rozhoduje jen on sám. Zákon č. 90/2012 Sb., o obchodních korporacích, v § 190 odst. 2 písm. i) stanoví, že souhlas valné hromady je nutný při převodu nebo zatížení závodu nebo takové jeho části, která by znamenala podstatnou změnu dosavadní struktury závodu nebo podstatnou změnu v předmětu podnikání společnosti. Pokud je prodávaná nemovitost jediným nebo hlavním majetkem firmy, prodej bez souhlasu valné hromady může být napadnutelný a v krajním případě i neplatný. U firem s jediným společníkem je formální stránka jednodušší, rozhodnutí jediného společníka v působnosti valné hromady se ale musí písemně vyhotovit a archivovat, jinak hrozí problém při pozdější kontrole nebo sporu s kupujícím.

Transferové ceny: pozor na prodej "do rodiny"

Časté je, že s.r.o. prodává nemovitost svému jednateli, společníkovi nebo osobě blízké, často za zvýhodněnou cenu. Tady vstupuje do hry § 23 odst. 7 zákona o daních z příjmů, který ukládá upravit základ daně, pokud se sjednaná cena mezi spojenými osobami liší od ceny, která by byla sjednána mezi nezávislými subjekty za srovnatelných podmínek. Finanční úřad má právo rozdíl dopočítat a doměřit daň i s příslušenstvím. Proto je u každého prodeje mezi firmou a jejím společníkem nebo jednatelem rozumné nechat zpracovat nezávislý znalecký posudek, který obhájí sjednanou cenu jako tržní.

Časté chyby a jak se jim vyhnout

První chyba je rozhodnout se mezi asset dealem a share dealem až na poslední chvíli, bez propočtu obou variant. Rozdíl v celkovém daňovém dopadu může činit statisíce i miliony korun, a je potřeba to spočítat předem, ne po podpisu smlouvy.

Druhá chyba je podcenit souhlas valné hromady. Pokud jednatel podepíše kupní smlouvu bez tohoto souhlasu tam, kde ho zákon vyžaduje, kupující riskuje, že se později bude muset bránit u soudu, a to dokáže celý obchod zablokovat na měsíce.

Třetí chyba je prodávat nemovitost firmě nebo od firmy bez znaleckého posudku v situaci, kdy jsou prodávající a kupující spojené osoby. Bez posudku nemá firma v ruce nic, čím by obhájila cenu před finančním úřadem.

Čtvrtá chyba je u share dealu rezignovat na due diligence jen proto, že "firmu znám, je to kamarádova společnost". Historie firmy je často starší než samotný vztah mezi prodávajícím a kupujícím a staré závazky se nevytrácejí jen proto, že se o nich nemluví.

Psychologie prodeje: proč kupující u firem váhají déle

Kupující soukromého bytu se bojí hlavně skrytých vad stavby a podle § 2129 občanského zákoníku má na jejich vytknutí pět let od převzetí. U nemovitosti ve firmě přibývá ještě strach z neznámého – kupující neví, co všechno firma za svou existenci podepsala, komu dluží nebo s kým vede spor. Tahle nejistota prodlužuje vyjednávání a často snižuje nabízenou cenu, pokud prodávající nedodá kupujícímu kompletní podklady hned na začátku. Firma, která přijde na jednání s hotovým výpisem z rejstříku, aktuálním účetnictvím a jasně vysvětlenou daňovou strukturou obchodu, působí důvěryhodně a prodává rychleji a za lepší cenu než firma, která nechá kupujícího dohledávat si informace sám.

Shrnutí na jednu stránku

• U s.r.o. neplatí žádný časový test pro osvobození od daně – zisk z prodeje nemovitosti vždy zdaňuje sazba daně z příjmů právnických osob 21 %.

• Asset deal znamená standardní převod v katastru, ale i nutnost posoudit DPH podle lhůty 23 měsíců od dokončení nebo podstatné změny stavby.

• Share deal přenáší na kupujícího celou historii firmy – bez due diligence jde o vysoké riziko.

• Prodej nemovitosti tvořící podstatnou část majetku firmy často vyžaduje souhlas valné hromady podle § 190 odst. 2 písm. i) zákona o obchodních korporacích.

• Prodej mezi spojenými osobami musí obstát před testem obvyklé ceny podle § 23 odst. 7 zákona o daních z příjmů.

Prodej nemovitosti z majetku s.r.o. není o pár procentech navíc v tabulce, je to rozhodnutí, které ovlivní daňovou povinnost firmy i právní jistotu obou stran na roky dopředu. Pokud řešíte prodej bytu, domu, pozemku nebo komerčního objektu, který je na firmu, nebo naopak takovou nemovitost chcete koupit a potřebujete mít jistotu, že nekupujete skryté závazky, ozvěte se mi. S Tomášem Kopou projdeme konkrétní čísla vaší situace, propočteme asset deal proti share dealu a nastavíme postup tak, aby transakce proběhla bez komplikací na katastru i u finančního úřadu.